WWW.OS.X-PDF.RU
БЕСПЛАТНАЯ ЭЛЕКТРОННАЯ БИБЛИОТЕКА - Научные публикации
 


«Отзыв официального оппонента на диссертационную работу Нефедовой Лидии Николаевны «Генетический контроль транспозиции и ...»

Отзыв официального оппонента на диссертационную работу

Нефедовой Лидии Николаевны «Генетический контроль транспозиции и эволюция

эррантивирусов у Drosophila», представленную на соискание ученой степени доктора

биологических наук по специальности 03.02.07 – генетика

Диссертация Л.Н.Нефедовой посвящена исследованию глобальной проблемы современной

биологии и генетики, которую можно сформулировать как изучение механизмов

функционирования, регуляции и эволюции генома. В рамках этой проблемы были исследованы вопросы формирования, эволюции и доместикации генов ретровирусов в хозяйский геном. Были изучены некоторые аспекты генетического контроля транспозиции ретроэлементов и механизмов их интеграции на примере эррантивируса Drosophila gypsy.

Актуальность темы диссертации.

Поставленная в диссертационной работе проблема является новой и практически неразработанной. До недавнего времени мобильные генетические элементы (МГЭ) рассматривались как геномные паразиты. Теперь стало известно, что мобильные элементы содержат транскрипционные элементы: энхансеры и инсуляторы. Соответственно, их внедрение в хозяйский геном может влиять на экспрессию близлежащих генов, вызывать нарушения в процессах развития и влиять на эволюцию генома. При этом малоизученным остается вопрос о взаимообмене генами между МГЭ и хозяйским геномом.



В процессе совместной эволюции хозяйского генома и ретроэлементов сформировались защитные механизмы от их неконтролируемых транспозиций. Ключевым генетическим фактором, осуществляющим контроль транспозиции МГЭ gypsy, является локус flamenco. Показано, что этот локус представляет собой матрицу для считывания малых интерферирующих РНК. Однако функционирование этого локуса слабо изучено, так же, как и процесс доместикации генов ретроэлементов, в котором организм-хозяин адаптирует чужеродные последовательности для собственных нужд.

С появлением большого количества секвенированных геномов стало ясно, что мобильные элементы, особенно ретроэлементы, оказывают заметное влияние на эволюцию хозяйского генома.

При этом они и сами эволюционируют, преобразуясь в ретровирусы, либо, адаптируясь в хозяйском геноме, претерпевают молекулярную доместикацию, приобретая новые функции.

Представленная диссертация вносит весомый вклад в разработку этой темы. У различных представителей рода Drosophila в геноме обнаружено два гена, доместицированных от ретротранспозонов с длинными концевыми повторами (ДКП). Один из них обнаружен в представленной работе и является гомологом гена gag. Одна из задач работы связана с выяснением функции этого гена.

Актуальность темы исследования определяется широким научным интересом к проблеме происхождения ретровирусов. Практический интерес обусловлен исследованием процессов защиты от ретровирусных инфекций.

Структура диссертации. Достоверность и новизна научных результатов.

Диссертационная работа написана по традиционной схеме, изложена на 230 страницах и содержит 76 рисунков, 13 таблиц, список литературы, включающий 293 цитируемых источника.

В главе «Введение», автор обозначает цели работы, выбор объекта исследования и важность поставленных вопросов для понимания взаимосвязей между функционированием МГЭ и эволюцией генома эукариот. В литературном обзоре обстоятельно рассмотрены все аспекты функционирования МГЭ в геноме эукариот. Подробно описана современная классификация всех известных мобильных генетических элементов и рассмотрены механизмы их перемещения. Особое внимание уделено процессам интеграции МГЭ в геном. Рассмотрены вопросы контроля транспозиций и процессы доместикации генов МГЭ.

Из главы «Материалы и методы» исследования видно, что автор в своем исследовании использовала широкий спектр методов современной и классической генетики, молекулярной биологии и комплексного биоинформационного анализа, что позволило получить интересные достоверные результаты.

В главе «Результаты исследований» можно выделить два крупных раздела.

Экспериментальный: направленный на исследование механизмов транспозиции эррантивирусов, процессов их интеграции, изучение генетического контроля транспозиции со стороны хозяйского генома, и выяснение функций доместицированного гена gag эррантивирусов в геноме дрозофилы.

Второй раздел включает исследование, основанное на тщательно продуманном биоинформационном анализе, эволюции эррантивирусов, построение новой систематики и классификации ДКП-ретротранспозонов, и поиску доместицированных последовательностей ретроэлементов в геном дрозофилы. Такой комплексный подход к решению поставленных задач, позволил получить новые принципиально важные результаты.

В числе наиболее важных результатов, полученных диссертантом, можно выделить следующие.

Впервые показано, что группа gypsy ДКП-ретротранспозонов D.melanogaster биологически неоднородна и разделяется на подгруппы согласно сравнительному анализу их последовательностей и специфичности интеграции. Эррантивирусы и их производные проявляют специфичность в отношении выбора нуклеотидной последовательности ДНК-мишени и в отношении гетеро- и эухроматина. Интеграза ДКП-ретротранспозона gypsy функционирует в клетках E.coli и осуществляет эксцизии ДКП с полным восстановлением последовательности сайта-мишени. Интеграза ретротранспозона gypsy специфична in vitro в отношении конструкций, содержащих ДКП группы gypsy. Ключевым доменом интегразы является центральный. Локус flamenco принимает участие в генетическом контроле транспозиций gypsy и других ДКПретротранспозонов этой группы. Мутация в локусе flamenco лабораторной линии SS является следствием нарушения процессинга первичного транскрипта-предшественника piРНК. В процессе эволюции у рода Drosophila появился новый ген, доместицированный от гена gag эррантивирусов.

Функция доместицированного гена высококонсервативна у дрозофилы и связана с участием в сигнальном пути иммунного ответа Jak-STAT.

К тексту диссертационной работы серьезных замечаний нет. Однако, по завершении рассмотрения данной работы возникают следующие замечания и вопросы. В тексте диссертации и автореферата имеются отдельные опечатки.

Так имеются неточности в подписях к рисункам 15 и 17, 22 и 44. В результатах по изучению активности рекомбинантной интегразы in vitro обнаруживаются комплексы ДНК-белок (интеграза), не способные мигрировать в агарозном геле. Почему не попытались реакционную смесь инкубировать с протеиназой К с последующей обработкой фенол-хлороформом для выявления образующихся фрагментов ДНК после обработки интегразой?

При изучении точки инициации транскрипции локуса flamenco использовали метод 5’RACE.

Кроме описанных фрагментов длиной 1000 и 1200 н.п., в агарозном геле видны более короткие фрагменты, что может свидетельствовать о ряде альтернативных точек старта транскрипции.

Указанные замечания не снижают высокий научный уровень работы. Постановка проблемы, формулирование конкретных задач, выбор моделей исследования являются надёжно взвешенными и обоснованными. Работа тщательно спланирована, безупречно выполнена с методической стороны, а результаты подвергнуты грамотному и корректному обсуждению. Впечатляет объем выполненных экспериментов. Все результаты подробно документированы и в высшей степени достоверны.

Все это обеспечивает обоснованность выводов и положений, выносимых на защиту.

Ценность для науки и практики проведенной соискателем работы.

Полученные в работе данные представляют значительную ценность для науки и позволяют поновому взглянуть на эволюцию генома эукариот в свете коэволюции с его мобильным компонентом. Результаты работы могут быть использованы в дальнейшем для исследования вопросов эволюции систем генетического контроля мобильных элементов, интеграции и генообразования, связанного с молекулярной доместикацией генов ретроэлементов у эукариот.

Результаты, изложенные в диссертации, могут быть рекомендованы к использованию в МГУ имени М.В. Ломоносова, Санкт-Петербургском и Новосибирском государственных университетах, а также Институте биофизики РАН, Институте молекулярной биологии РАН, Институте биологии развития РАН, Институте биоорганической химии РАН и Институте белка РАН.

Подтверждение опубликования основных результатов диссертационной работы в научной печати.

Основное содержание работы изложено в 22 статьях в журналах из перечня ВАК РФ и 33 тезисах выступлений на конференциях. Статьи включают материал диссертации и ясно отражают личный вклад соискателя в выполнение диссертации.

Содержание автореферата.

Автореферат полностью соответствует содержанию диссертации.

Заключение. Диссертация в целом представляет собой научно-квалификационную работу, представляющую завершенный этап большого направления исследований, в котором разработаны теоретические положения, решены важные научные проблемы, совокупность которых можно квалифицировать как научное достижение. В диссертации решены задачи, имеющие существенное значение для генетики, молекулярной биологии и вирусологии. Работа соответствует п.9 «Положения о присуждении ученых степеней», утвержденного Постановлением Правительства РФ от 24 сентября 2013 №842, а ее автор Л.Н.Нефедова заслуживает присуждения искомой ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.02.07 - «генетика».

Официальный оппонент доктор биологических наук ИМБ РАН Зацепина О.Г.

Адрес: г. Москва, ул. Вавилова д.32.

Тел. 8-499-1359768 E.mail: olzacepina@ yandex.com Отзыв заверил Ученый секретарь ИМБ РАН к.х.н Крицын А.М,



Похожие работы:

«Selevinia, 2008 Краткий обзор систематики среднеазиатских черепах (Testudinidae: Agrionemys) и подвижные зоны панциря у этой группы черепах Чхиквадзе Вячеслав Михайлович, Брушко Зоя Карповна, Кубыкин Рудольф Александрович Институт палеобиологии Национального Музея Грузии, Тбилиси Институт зоологии МОН РК, Казахстан, Алматы Многие десятилетия среднеазиатскую черепаху (Agrionemys horsfieldii) большинство герпетологов считали обычным, тривиальным видом. Однако в реальности эта черепаха...»

«1 Международный конкурс по биологии для детей особой заботы Анатомия природы. Задания конкурса 2014-2015 учебного года. Международный конкурс по биологии для детей особой заботы «Анатомия природы» I. О конкурсе Международный конкурс по биологии для детей особой заботы «Анатомия природы» проводится Центром «Снейл» с 2014-2015 учебного года для возрастной категории 1-11 классы. В 2014-2015 учебном году участие в конкурсе приняли 236 школьников, 25 из которых стали победителями и лауреатами и...»

«До Председателя на Научното жури, определено със Заповед № 548/23.04.2015 г. на Началника на ВМА София СТАНОВИЩЕ от доцент д-р Юлиан Иванов Райнов, д.м. Ръководител Катедра „Хематология, медицинска онкология, радиационна защита, радиобиология и иуклеарна медицина, Военномедицинска академия, София Относно: Дисертационен труд на тема: „Прогностични фактори и риск-адаптирана терапия при множествен миелом на докторанта на самостоятелна подготовка асистент д-р Антония Николаева Недева, за...»

«ПРАВИЛА ЗА ОРГАНИЗАЦИЯ НА УЧЕБНИЯ ПРОЦЕС ПРЕЗ УЧЕБНАТА 2015/2016 Г.Откриване на новата учебна 2015/2016 година: 25. ІX. 2015 г. (петък) от 11.00 часа в Спортна зала – бул. България №236 А. АКАДЕМИЧЕН КАЛЕНДАР За обучение в ОКС “бакалавър” и в ОКС “магистър” след придобито средно образование.1. Редовно обучение 28.09.2015 г. – 16.01.2016 г. Зимен семестър (15 учебни седмици) 24.12.2015 г. – 01.01.2016 г. вкл. Коледна ваканция Зимна изпитна сесия 17.01. 2016 г.– 14.02.2016 г. Летен семестър...»

«Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Киселвского городского округа «Центр детского творчества» Киселвск, 2012 Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Киселвского городского округа «Центр детского творчества» «Земля – наш общий дом!» методическая разработка экологической акции Авторы составители: Ромина Зоя Ивановна, педагог дополнительного образования; Бондарева Ольга Евгеньевна, педагог дополнительного...»



 
2016 www.os.x-pdf.ru - «Бесплатная электронная библиотека - Научные публикации»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.